Une théorie du complot se base sur le fait qu'un des moteurs ainsi que des champs de débris isolés provenant de l'avion se situent à grande distance du point de crash (jusqu'à environ 13 km pour les plus éloignés).

Ce phénomène avait déjà été signalé par la Pittsburgh Post-Gazette du 13 septembre 2001 : des témoins « ont vu un nuage de débris ressemblant à des confettis descendre sur le lac et près des fermes dans les minutes qui ont suivi le bruit de l'explosion signalant le crash à 10 h 06 ».

Des membres du 9/11 Truth Movement en induisent que l'avion a subi des dommages en plein vol, par exemple qu'il a été touché par un missile, ce qui a entraîné sa chute.