Selon des membres du 9/11 Truth Movement comme le physicien Steven Jones, l'informaticien Jim Hoffman, le théologien David Ray Griffin, l'architecte Richard Gage ou l'auteur Webster Griffin Tarpley l'effondrement des tours du World Trade Center n'a pas été causé par les dégâts provoqués par les avions mais par des explosifs préalablement installés. Cette hypothèse a d'abord été suggérée en 2001 puis est devenue de plus en plus importante pour le mouvement mais elle est rejetée par les principaux médias et tous les ingénieurs qualifiés Cependant, l'effondrement des tours 1 et 2 et l'effondrement du bâtiment 7 sont différents et n'ont donc pas nécessairement la même explication.

L'écroulement vertical et rapide des tours est un des éléments les plus controversés. Jeff King, titulaire d'un diplôme d'ingénieur électricien du MIT, Jim Hoffman et le cabinet d'architecture Weidlinger Associates contredisent la thèse de l'effondrement dû uniquement à la chaleur. Pour eux, d'une part le feu n'a pas pu fragiliser la structure d'acier des tours et d'autre part si effondrement il devait y avoir, il ne pouvait être strictement vertical et symétrique.

À l'appui de cette thèse, une vidéo montre des flots de matière incandescente jaillissant du coin Nord-Est de la tour Sud, à partir du 80e étage, pendant les sept minutes ayant précédé sa chute.L'utilisation de la thermate expliquerait les traces de soufre ayant pénétré profondément la structure d'acier retrouvées dans les débris par Jonathan Barnett de l'Agence fédérale des situations d'urgence, ainsi que l'apparence de coupes biseautées sur des poutrelles visibles sur certaines photos. Certains observateurs suggèrent cependant que ces photos pourraient n'indiquer que l'intervention des équipes de déblayage ayant procédé à des découpes après les effondrements. La plupart de ces poutres d'acier auraient été enlevés des débris dans les jours suivant les attentats pour être recyclés, transportés et fondues en Chine par la société Shanghai Baosteel Group Corp. et en Inde, empêchant toute analyse directe alors que le reste des débris était recyclé sous la direction de la ville de New York ou même volé. Seuls 146 échantillons auraient été conservés pour analyse ultérieure.

Le bâtiment 7 du WTC est celui qui a le plus retenu l'attention de ceux qui contestent la version officielle des attentats. Ce bâtiment qui abritait des bureaux de la CIA, du Secret Service, de l'IRS, le bunker du maire de New York, Rudolph Giuliani, et 3 à 4 000 dossiers sur des investigations à Wall Street, n'a été touché par aucun avion.Dans l'angle sud-ouest de l'immeuble, sept colonnes périmétriques ont été gravement endommagées par des débris provenant de la tour jumelle nord. Mais cette atteinte structurelle n'est pas nécessaire à l'explication de l'effondrement complet du bâtiment, qui serait dû à l'incendie selon le NIST.Les pompiers sur place rapportent que le bâtiment était par ailleurs entamé par des incendies sur 20 étages différents. Les secouristes semblaient certains dès 15 h que le bâtiment allait s'effondrer.Le rapport officiel du NIST explique que l'écroulement est dû à un incendie allumé par des parties des deux tours du WTC en feu tombant sur l'immeuble. Les tenants d'une destruction volontaire et contrôlée font remarquer qu'il n'existe aucun exemple de gratte-ciel à structure d'acier qui se soit intégralement effondré à cause d'un incendie. Ils citent notamment l'exemple de l'incendie du Windsor à Madrid les 12 et 13 février 2005 qui a duré près de 20 h, en notant que le bâtiment fut ravagé par les flammes, mais resta debout. Pourtant cette tour de Madrid a subi des effondrements partiels de sa structure externe, dans la nuit où l'incendie eut lieu, alors qu'elle était initialement intacte.De l'avis de Jim Hoffman du 9/11 Truth Movement, l'écroulement de la tour est, sans aucun doute possible, la conséquence d'un travail minutieux réalisé par des hommes de l'art, plutôt qu'une conséquence de la chute des deux tours jumelles. C'est également l'avis de Danny Jowenko, un professionnel néerlandais de la démolition contrôlée.