La thèse d'un complot des terroristes d'Al-Qaida qui auraient détourné des avions pour provoquer les attentats du 11 septembre 2001 (sans intervention ou « laisser-faire » du gouvernement) est appelée « version officielle » par ceux qui la critiquent. Ils font remarquer que cette thèse a été rapidement soutenue par l'administration Bush et a servi à justifier la guerre en Afghanistan puis en Irak. Au début, l'administration américaine soutenait que Saddam Hussein était impliqué dans les attentats, en affirmant que des liens existaient entre lui et Oussama Ben Laden. Il a été depuis prouvé et accepté par les autorités américaines que l'ancien président irakien n'avait aucune confiance en Al-Qaida et lui refusait toute aide, comme l'atteste le Sénat des États-Unis. Depuis, le président américain a reconnu que Saddam Hussein n'avait rien à voir dans ces attentats.

L'idée selon laquelle les événements survenus le 11 septembre 2001 sont le fait d'un complot intérieur au sein des États-Unis se divise en deux catégories définies ainsi par Webster G. Tarpley  :

- thèse « LIHOP » (« Let It Happen On Purpose ») : le gouvernement a laissé survenir les attentats et avait donc une connaissance   préalable de ce qui se préparait.

-thèse « MIHOP » (« Make It Happen On Purpose ») : le gouvernement a lui-même organisé et provoqué les actions terroristes sur      son territoire.

Les partisans de ces théories soulignent que différents éléments ou axes d'enquête ont été ignorés par le gouvernement américain et que le premier rapport du Congrès a été expurgé de 28 pages à la demande de l'administration Bush.
Le fait que des agents aient été mandatés pour assurer l'évacuation de citoyens saoudiens hors du territoire des États-Unis au lendemain des attentats, afin d'éviter qu'ils soient interrogés, sème le doute. D'autant plus qu'au même moment tous les vols intérieurs étaient cloués au sol jusqu'au 13 septembre.

 « Let It Happen On Purpose »

Cette thèse va dans le sens d’une connaissance préalable, par le gouvernement américain, de ces projets d'attentats, et donc de la possibilité d’une « complicité objective » visant à tirer de leur survenue des bénéfices politiques ou économiques :

- Justification des lois sécuritaires

- Guerre en Afghanistan & en Irak

- Contrôle des ressources énergétiques au Moyen-Orient

- Délits d’initiés, destruction de nombreux éléments d'enquête sur les scandales financiers et boursiers — Enron, etc., dans l'effondrement inattendu de la tour WTC 7, abritant les bureaux de l'IRS, du FBI, de la CIA.

 
À l'appui de cette thèse se joignent plusieurs faits : le NORAD, organisme militaire chargé de la défense de l'espace aérien américain n'a pas réagi comme il l'a fait précédemment pour des alertes de détournements d'avions ; de plus des manœuvres militaires d'envergure mobilisant les forces de défense et simulant entre autres des situations similaires à ce qui se passait réellement (détournement d'avions-suicide prenant des bâtiments officiels pour cible) se déroulaient précisément au moment de l'attaque. Ces circonstances auraient gravement entamé, par la confusion qu'elles ont entraînée, l'efficacité de la surveillance du trafic aérien (faux échos radar, etc.).

Ces circonstances n'ont que très peu ou pas du tout été mentionnées dans l'enquête officielle organisée par la Commission du 11 Septembre

 « Make It Happen On Purpose »

Cette thèse va dans le sens d’une implication directe du gouvernement (ou d'organisations liées à celui-ci) dans les attentats. Le but aurait été de produire un impact médiatique, émotionnel et politique maximum sur la population et le congrès américain traditionnellement hostiles à la guerre.

Il se dit donc que le gouvernement américain aurait pu infiltrer des groupes terroristes et préparer les attentats pour accuser Al-Qaida de les avoir réalisés, afin d'avoir un prétexte (attaques étrangères sur son sol, lien présumé entre Al-Qaida et Saddam Hussein) pour envahir l'Afghanistan et l'Irak. Le but de ces opérations serait de prendre militairement le contrôle des ressources énergétiques (champs de pétrole, projets d'oléoducs) de ces pays tout en maintenant par ce contrôle l'hégémonie du dollar US sur le marché pétrolier mondial. 

Les partisans de la thèse du déclenchement délibéré soulignent les faits suivants concernant le comportement du président américain :
La localisation du président à l'école élémentaire Emma E. Booker à Sarasota en Floride le matin des attaques était largement diffusée dans la presse locale. Toutefois, après que le deuxième avion a percuté le World Trade Center, le Secret Service a autorisé le président à rester dans la salle de classe pendant 10 minutes supplémentaires et à prononcer un discours à la nation depuis cette même école. Le fait que l'emploi du temps du président ce jour-là était connu du public pourrait en lui-même être une raison plus que suffisante pour l'évacuer d'urgence, non seulement pour protéger le commandant en chef et son équipe, mais aussi pour assurer la sécurité des enfants et des professeurs de l'école.

 
Les partisans de la thèse officielle utilisent ce point pour justifier que l'administration Bush n'était pas au courant et n'a pas vu dans les deux premiers crashs tout le danger associé. Les partisans du complot d'État utilisent ces faits pour soutenir la thèse que l'administration Bush connaissait suffisamment les attaques pour être convaincue qu'il n'y avait pas de menace imminente visant le président des États-Unis25.

Selon la procédure standard du Secret Service, le président aurait dû immédiatement être déplacé vers un lieu sécurisé. Le personnel et les journalistes affectés à la Maison blanche ont rapporté qu'ils ont été embarqués d'urgence dans Air Force One et que l'avion a effectué un décollage très inhabituel et brutal – certains prétendant même que l'avion avait décollé avec un angle supérieur à 55 degrés (« presque vertical »).

D'autres notent qu'à l'inverse du personnel à la Maison Blanche, Bush se trouvait à des centaines de kilomètres de toute cible nationale potentielle et des cibles effectives à Washington et à New York. Toutefois, ceux qui critiquent l'attitude du président, ce jour-là, argumentent que cette explication ne justifie pas le manque de considération pour la sécurité immédiate du président dans la mesure où son apparition dans l'école était une information connue du public depuis des jours, sinon des semaines avant le 11 septembre 2001.