L'« amas » a été le nom utilisé pour le site par les secours et travailleurs afin de décrire l'amas colossal de débris qui s'y trouvaient après les attaques du 11 septembre 2001. Les travailleurs évitaient l'utilisation du terme « Ground Zero », qui décrivait le lieu exact où les explosions eurent lieu, mais néanmoins ce terme devint plus tard synonyme de « site du World Trade Center ».Les débris se consumèrent pendant plus de cinq mois après l'effondrement, résistant aux tentatives des pompiers d'éteindre les réactions chimiques qui ont suivi, et ce jusqu'à ce que la majeure partie des débris ait été enlevée. Les effets de la fumée et d'autres matériaux dangereux sur les ouvriers du site et sur les chiens de recherche sont toujours à l'étude, demeurant un sujet de polémique.

Les ouvriers dégagèrent les débris et récupérèrent les restes de nombreuses victimes mortes dans les attaques. Les débris furent enfouis dans une partie spéciale du Fresh Kills Landfill, le plus gros site d'enfouissement de déchets de New York, situé sur Staten Island. Tandis que le site était fouillé dans le but de retrouver des restes humains, les familles de quelques victimes ont demandé que tous les restes soient enterrés sur l'emplacement du WTC. Michael Bloomberg, maire de New-York, a rejeté la demande d'une part en raison de son coût et d'autre part parce qu'il la jugeait infaisable ; cependant, un petit mémorial est prévu sur le lieu même des débris.En décembre 2001, une tribune temporaire a été placée sur Fulton Street, entre Church Street et Broadway, à côté de St Paul's Chapel.1 La présence de touristes sur les lieux du drame a suscité beaucoup de réactions de la part des familles et des riverains.

A la fin du mois de mai 2002, le site fut totalement dégagé des débris, trois mois plus tôt que ce qui était prévu. Lors d'une cérémonie qui eu lieu le 30 mai 2002, la dernière pièce de métal, provenant de la structure interne de la Tour Sud (WTC 2), fut symboliquement recouverte du drapeau des États-Unis avant d'être enlevée.2Un mémorial lumineux, commémoration originale et peu commune, a également été mis place après les évènements.Tandis que le travail de reconstruction des lieux continuait, des restes humains furent trouvés sous des chaussées d'accès provisoire ou encore sous des trottoirs, le dernier en date a été retrouvé pas plus tard qu'en octobre 2006. Des recherches additionnelles ont même été conduites sur les toits des bâtiments environnants.

Dans les mois suivant les attaques, les architectes et les experts en matière d'urbanisme ont tenu des forums et des réunions afin de discuter des idées pour la reconstruction du site. Des idées d'architecture et de design ont vite émergé. Les premières recommandations des experts étaient d'améliorer les connexions entre le World Trade Center et le métro de New York et de restaurer Greenwich Street. En janvier 2002, le célèbre marchand d'art new-yorkais Max Protech a sélectionné 50 projets qu'il a ensuite exposé dans sa galerie d'art de Chelsea.10Silverstein a engagé les architectes réputés David Childs et Alex Cooper, du cabinet Cooper Robertson & Associés, afin d'élaborer un programme préliminaire pour la reconstruction du site rendu public en 2002. Ces plans ont obtenu la permission de construire sur 6 acres (24000 m²), comprenant les fondations des tours, un mémorial, ainsi que plusieurs tours de 50 à 65 étages chacune.11,12La Lower Manhattan Development Corporation (LMDC) a communiqué sa proposition préliminaire pour l'emplacement du projet en avril 2002. Beyer Blinder Belle a été sélectionné en tant que consultant en matière d'urbanisme afin de travailler avec le LMDC sur la reconstruction.13 Quelques associations de familles des victimes, notamment la "September's Mission" menée par Monica Iken, ont exprimé leur opposition à la construction d'autre chose qu'un mémorial sur le site entier, soit plus de 60000m².Une reconstruction complète des tours jumelles a été refusée par la LMDC après que les employés de Silverstein a démontré comment la construction de nouveaux immeubles de bureaux de plus de 70 étages créerait sous peu des emplois à moyen terme tout en reconstruisant les tours. L'autorité portuaire, reconstruisant de nouveaux axes, a réquisitionné toute la zone commerciale ainsi que toutes les rues alentours, réduisant considérablement l'espace constructible.