En 1958 David Rockefeller établit la Downtown-Lower Manhattan Association (DLMA) qui confia au cabinet d'architectes Skidmore, Owings and Merrill la réalisation de plans devant revitaliser Lower Manhattan. Les plans initiaux furent rendus publics en 1960. Ils localisaient le World Trade Center le long de l'East River, de Old Slip à Fulton Street et entre Water Street et South Street, sur une superficie de 5,25 hectares. Ils prévoyaient un hall d'exposition de 275 mètres de long et un gratte-ciel de 50 à 70 étages, dont la partie supérieure aurait été un hôtel. Les autres édifices incluaient un théâtre, des magasins et des restaurants, ainsi qu'un nouveau centre d'échange de valeurs mobilières, où la Downtown-Lower Manhattan Association désirait loger le New York Stock Exchange.Selon David Rockefeller, la Port Authority était le meilleur choix pour prendre en main le projet, puisque le Trade Center faciliterait et ferait augmenter le volume de commerce international passant par le port de New York. Étant donné l'importance de la ville dans le commerce mondial, le directeur de la Port Authority, Austin J. Tobin, proposa de changer le nom du projet pour « the World Trade Center », et non pas seulement un « world trade center ». Un an plus tard, le 11 mars 1961, la Port Authority accepta le projet proposé.

Le 20 septembre 1962, la Port Authority annonça les sélections de Minoru Yamasaki comme architecte principal et Antonio Brittiochi and Emery Roth & Sons comme architectes associés20. Yamasaki proposa dès le début le concept de tours jumelles, néanmoins il envisagea tout d'abord deux bâtiments comprenant seulement 80 étages. Yamasaki dut changer le nombre d'étages pour faire correspondre le projet à la demande de la Port Authority : celle-ci désirant 930 000 m2 d'espace de bureaux, il fallait que chaque tour comprenne 110 étages.